A cirurgia é indicada para as pacientes que apresentam dor e não melhoram com tratamento hormonal ou para aquelas com quadros avançados, ou seja, cistos de ovário volumosos, suspeita de endometriose no apêndice e lesões que provoquem risco de obstrução intestinal ou em ureter.
Os focos superficiais peritoneais devem ser retirados de forma completa e os cistos de ovário maiores que 3 cm devem ter sua cápsula retirada. Focos de endometriose profunda retrocervical, vaginal, próximas ao ureter e em bexiga também devem ser retirados em toda sua extensão.
Habitualmente são cirurgias delicadas pelo fato de a doença surgir como nódulos endurecidos, provocando aderências e por localizarem-se próximos ao reto, ureteres, vasos e nervos importantes da região pélvica. A via laparoscópica é adequada por permitir melhor visualização dessas estruturas.
Nos casos em que os exames de imagem e a observação na cirurgia mostram lesões maiores de 3 cm infiltrando profundamente a parede intestinal, é indicado o tratamento cirúrgico, com remoção de parte do segmento intestinal. A justificativa para essa cirurgia se baseia na melhora da qualidade de vida que as pacientes apresentam e que se mostra diretamente relacionada à remoção cirúrgica completa das lesões.
A cirurgia é feita a partir de três pequenas incisões, uma na região umbilical e duas nas fossas ilíacas (que se localizam na altura da virilha, uma de cada lado), por onde é introduzido um equipamento com uma microcâmera incorporada e outros instrumentos necessários à cirurgia. A microcâmera permite uma visão ampla da cavidade abdominal, podendo assim avaliar, com alta definição, os órgãos e tecidos internos. Essa visão privilegiada possibilita realizar cirurgias extremamente minuciosas e detalhadas.